در حالی که دو جریان اصلاح‌طلب و اصول‌گرای افراطی سعی دارند با منتسب کردن مهندس موسوی به گروه‌های تندرو و جریان ملی – مذهبی و نهضت آزادی وی را مصادره یا تخریب کنند، «آینده» با انتشار سندی رسمی از مذاکرات مجلس شورای اسلامی، دفاعیه قاطع آیت‌الله خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت را از مهندس موسوی در برابر این نوع تخریب‌ها منتشر می‌کند.

آیت‌الله خامنه‌ای در واکنش به تخریب مهندس موسوی، در سخنان رسمی و علنی خود در مجلس شورای اسلامی تصریح کردند:

راجع به آقای موسوی به قول آن گوینده راستگو که گفت «ما کنت احسب ان یعیر مثل ذات الاجمل» درباره همه خیال می‌کردیم انتقاد بشود، درباره مهندس موسوی من واقعاً تصور نمی‌کردم کسی زبان به انتقاد از ایشان باز کند. اولاً بنده ایشان را خیلی خوب می‌شناسم، از همه کسانی که نسبت به ایشان تعریف کرده‌اند یا انتقاد کرده‌اند بنده ایشان را بیشتر و بهتر و با مدت زمان بیشتری می‌شناسم. آن‌چه درباره ایشان از گرایش‌ها گفته شده است دروغ محض است و شاهد بر همه این‌ها روزنامه جمهوری اسلامی است.
 
شما کدام ارگان مطبوعاتی را در این کشورسراغ دارید که از روز اول این انقلاب یعنی از روز انتشارش که اندکی بعد از پیروزی انقلاب بوده تا این ساعت در خط مستقیمی که شما اسمش را خط امام می‌گذارید و درست هم هست حرکت کرده باشد و به این جامعه و به اندیشه‌ها و به ذهنیت عظیم این ملت خط داده باشد و به خصوص مقالاتی که خود ایشان نوشته است، شما ایشان را به مصدق‌گرایی متهم می‌کنید. این بزرگ‌ترین بهتانی است که شما به ایشان می‌زنید. ایشان کسی است که خط ملی‌گرایی را به صورت یک تز، به صورت یک نظریه مطرح قابل قبول در این زمان، با قاطعیت و به طور مستدل در روزنامه رد کرد.
 
این مقالات روزنامه است و بروید نگاه کنید. متهم می‌کنند ایشان را به علاقمندی و گرایش به فلان یا بهمان گروهک، کذب محض است این معنا، من با ایشان معاشرت نزدیک داشته‌ام. من ایشان را می‌شناسم، من از ذهنیت ایشان مطلعم و من شهادت می‌دهم امروز و روز قیامت که تمام این ادعاها دروغ است. و من واقعاً‌تصور نمی‌کردم که کسی راجع به آقای مهندس موسوی با این سابقه درخشان یک چنین مطلبی را بیان کند. البته باز هم حرف در این زمینه زیاد است که چون وقت کم است و من می‌خواهم بقیه را هم بگویم، این است که بحث نمی‌کنم.
 
منبع: شرح مذاکرات مجلس شورای اسلامی در روزنامه رسمی شماره 199